L’Union des Comores, État archipel composé de trois îles autonomes (Grande-Comore, Anjouan, Mohéli), présente une organisation institutionnelle originale où chaque île dispose d’une autonomie fiscale . Cette autonomie, bien qu’inscrite dans un cadre unionnel, entraîne des pratiques différenciées en matière de taxation et de régulation des flux commerciaux. L’exemple du transbordement de marchandises dédouanées à la Grande Comore vers Anjouan met en évidence l’existence de barrières commerciales internes, qui structurent le fonctionnement économique de l’archipel.
Le dédouanement effectué dans une île ne confère pas automatiquement un droit de libre circulation vers une autre.
L’absence d’un mécanisme harmonisé de reconnaissance mutuelle des formalités douanières favorise la coexistence de régimes distincts, créant une segmentation du marché intérieur.